1966
- Евдокимова Ю.К. "Шесть картин" А. Бабаджаняна и некоторые вопросы музыкального языка.
[На титульном листе работы имя соруководителя Ю. Н. Холопова не указано]
1967
- Алексеева А.А. Роль остинато в "Весне священной" Стравинского
- Багиев В.А. Оркестровая полифония К. Дебюсси на примере "Моря"
[Руководство работой было передано Ю. Н. Холопову после кончины С. С. Скребкова]
- Найденова В. (Болгария). Некоторые особенности гармонического языка Равеля на примере фортепианного цикла "Отражения"
- Паисов Ю.И. "Свадебка" Стравинского (ладовая организация)
1969
- Бобровская Л.В. Музыкальные формы в опере Альбана Берга "Воццек"
- Кутева Е. (Болгария). Основные явления лада и гармонии в балете Б. Бартока "Чудесный мандарин"
- Савенко С.И. К вопросу о единстве стиля Стравинского
1971
- Крыстева Н. (Болгария). Контрапунктическая техника в мессах Жоскена Депре
- Седельников Г.С. Инструментальные произведения Германа Галынина
[Руководство работой было передано Ю. Н. Холопову в связи с уходом из консерватории В. П. Бобровского]
- Седельникова О.А. Симфонии М. Вайнберга для камерного оркестра
[Руководство работой было передано Ю. Н. Холопову в связи с уходом из консерватории В. П. Бобровского]
- Шалтупер (Крейнина) Ю.В. Музыкально-теоретические проблемы творчества В. Лютославского
- Шульгин Д.И. Теоретические предпосылки и методика гармонического анализа музыки советских композиторов
1973
- Орлова Е.В. К проблеме национального и интернационального в творчестве А. Хачатуряна (на примере 2-й симфонии)
- Поташникова М.М. Рамо как основоположник научного теоретического музыкознания
- Сапонов М.А. Музыкальные формы Гильома де Машо
1975
- Кюрегян Т.С. Роль гармонии в образовании малых форм у Прокофьева
- Спасов Б. (Болгария). Систематика методов сочинения в творчестве композиторов социалистических стран
1976
- Чередниченко Т.В. К проблеме художественной ценности в музыке. Опыт ценностной интерпретации данных теории музыкальной композиции
- Чередниченко Т.В. Музыкальные формы в кантатах И. С. Баха
1977
- Барский В.М. К проблеме хроматической гармонии
- Савина М.Н. Мотеты Палестрины (на примере мотетов 7-го тома ПСС)
1978
- Березуцкая Г.Н. К проблеме национального в русской гармонии
1979
- Коляда Е.И. Музыкальные формы в творчестве Гильома Дюфаи
- Плотников П.А. Е. К. Голубев. Пятая симфония (к проблеме характеристики стиля)
[Руководство работой было передано Ю. Н. Холопову после кончины Ю. Н. Тюлина]
- Чаплыгина М.А. К критике музыкально-теоретических взглядов К. Штокхаузена. Проблема произведения
1980
- Бычкова (Федорова) Г.С. Глас как ладовая категория
1981
- Базжина (Старостина) Т.А. О гармонии И. Стравинского позднего периода творчества
- Шестаков Г.Ю. Философия музыки как область музыкальной науки
1982
- Карасева М.В. К проблеме слухового освоения музыки ХХ века. Систематизация методик сольфеджио
1983
- Пантиелев Г.Я. Проблемы формообразования и гармонии в музыкальной драме Р. Вагнера "Тристан и Изольда"
- Сердечная Е.В. О гармонии позднего Римского-Корсакова на примере оперы "Сказание о невидимом граде Китеже и деве Февронии"
1984
- Божикова М. (Болгария). К проблеме болгарской электронной музыки
1985
- Кириллина Л.В. Бетховен и теория музыки XVIII — начала XIX веков
[Решением Государственной экзаменационной комиссии работа была квалифицирована как кандидатская диссертация]
- Ценова В.С. Музыкально-теоретические проблемы творчества московских композиторов первой половины 1980-х годов
1987
- Евграфова В.Л. О гармонии Рахманинова в сочинениях для хора а cappella
- Сторожко (Насонова) М.Л. Северонемецкая органная школа второй половины ХVII века. Феномен органной композиции
- Хархута И.А. К проблеме двенадцатитоновой гармонии у русских и советских композиторов первой трети ХХ века
1989
- Власов А.В. Гармония Генделя. Историко-стилевой аспект
- Чебуркина М.Н. К проблеме соотношения гармонии и музыкальной формы в русской музыке начала ХХ века: на примере произведений Скрябина, Прокофьева, Стравинского
1990
- Херсонская Н.М. "Новая табулатура" С. Шейдта
1991
- Колмогорова Н.В. Принципы формообразования в теории и музыкальных сочинениях Оливье Мессиана. Оркестровые произведения
1992
- Вобликова (Курбатская) С.А. Додекафония: реалии и фикции
1993
- Дроздова О.И. Андрей Волконский. Начало пути
1994
- Двоскина Е.М. ""Шесть книг о музыке" Аврелия Августина: теория античной ритмики
- Насонов Р.А. "Патетическая музыка" и ее место в музыкально-теоретической системе Афанасия Кирхера
1995
- Лыжов Г.И. Проблемы гармонии, письма и формы в "Magnum opus musicum" Орландо ди Лассо
- Неседов Н.В. А. Ф. Лосев и музыкальная наука
1997
- Кулясова М.И. Числовая символика в музыке И. С. Баха
- Хлыбова С.А. Формульная композиция Штокхаузена в гепталогии "СВЕТ"
1998
- Филиппова О.А. Генерал-бас: знаковая система, вопросы исполнительства и композиции
1999
- Попова Е.О. Я. П. Свелинк: композитор, органист, теоретик
- Щерба Т.Н. Музыкально-научное наследие А. В. Михайлова
2000
- Девуцкая (Суворина) Н.В. Час нуль авангарда. Серийная организация в ранних произведениях П. Булеза
- Изотова Е.А. Теория 12-тоновой композиции Бэббита — Форта
- Русакова А.В. Трактат Аристида Квинтилиана "О мусическом искусстве"
2001
- Андреева Н.А. Творчество позднего Скрябина в контексте эстетико-философских идей русской культуры начала ХХ века
2002
- Доленко Е.А. Молодой Шёнберг
[соруководитель — М. А. Сапонов]
- Переверзева М.В. Джон Кейдж: некоторые вопросы теории, истории, эстетики
2003
- Клименко Т.В. Гармонические системы в русской музыке. Вехи исторической эволюции
2004
- Андрушкевич А.В. Римский-Корсаков как теоретик музыки (соруководитель – Л. В. Кириллина)
- Кулигина (Приступлюк) О.В. Наука о композиции в Новейшей музыке: понятия, термины, явления (соруководитель – В. С. Ценова).
- Ушаков Д.Ф. Искусство распределения чувства. Музыкальные формы в сочинениях Клода Дебюсси (соруководитель – К. В. Зенкин, научный консультант – В. С. Ценова).
1978
- Никольская И.И. Антифашистская тема в музыке народной Польши
[Ю. Н. Холопов — научный консультант, руководитель — Л. В. Полякова]
1981
- Соколова Е.М. Гармония в сочинениях Шостаковича позднего периода творчества: теоретические проблемы и методы анализа (1979)
1982
- Кюрегян Т.С. Эволюция принципов музыкальной формы в творчестве советских композиторов 50 — 70-х годов (1981)
1983
- Мдивани Т.Г. Проблемы позднеромантической гармонии в творчестве австро-немецких композиторов конца ХIХ — начала ХХ века (А. Брукнер, Х. Вольф, Г. Малер, М. Регер) (1979)
1984
- Катунян М.И. Эволюция понятия тональности и новые гармонические явления в советской музыке
1986
- Маклыгин А.Л. Сонорика в музыке советских композиторов (1985)
- Поспелова Р.Л. Терминология в трактатах И. Тинкториса. Проблемы эстетики, ладовой и мензуральной теории (1984)
- Федотов В.А. Раннее западноевропейское многоголосие IX—XII вв
1988
- Барский В.М. Хроматика как принцип звуковысотной организации
- Ефимова Н.И. Музыкально-теоретические проблемы западноевропейской монодии: по материалам раннего средневековья
- Кутева Е. (Болгария). Общи принципи на ладообразувание в българската народна песен и творчеството на съвремени композитори (София, 1987)
- Лебедев С.Н. Проблема модальной гармонии в музыке раннего Возрождения (1987)
- Старостина (Базжина) Т.А. Принципы гармонии Стравинского (1984)
- Федорова (Бычкова) Г.С. Ладовая система русской монодии: на материале нотолинейных певческих книг
1989
- Карасева М.В. Теоретические проблемы современного сольфеджио (1988)
- Пильгун А.В. Понятие гармонии в западноевропейской музыкальной теории и философии ХII — начала XIV веков
- Стручалина Э.А. Взаимоотношение гармонии и формообразования в песнях Шуберта
- Ценова В.С. Проблемы музыкальной композиции в творчестве московских композиторов 1980-х годов
1990
- Дауноравичене Г. (Литва). Проблема жанра и жанрового взаимодействия в современной музыке: на материале творчества литовских композиторов 1975-1985 гг
- Кириллина Л.В. Бетховен и теория музыки ХVIII — начала ХIХ вв. (1985-1989)
- Найденова А. (Болгария). Особенности модальной организации в современной болгарской музыке (на примере творчества В. Казанджиева и Ив. Спасова)
1992
- Хархута И.А. Пути развития гармонической системы в советской музыке 20-х годов (1990)
1994
- Чебуркина М.Н. Органная музыка Оливье Мессиана
- Насонова (Сторожко) М.Л. Северонемецкая органная школа: органная композиция как феномен культуры
1996
- Насонов Р.А. "Универсальная музургия" Афанасия Кирхера: музыкальная наука в контексте музыкальной практики раннего барокко
- Алексеева А.А. Методы изучения музыки ХХ века в теоретических курсах музыкального училища
- Дроздова О.И. Андрей Волконский
- Петрусёва Н.А. Проблемы композиции в музыкально-теоретических трудах Пьера Булеза
- Шульгин Д.И. Теоретические основы современной гармонии: учебное пособие для специальных курсов музыкальных вузов и колледжей
1997
- Курбатская С.А. Серийная музыка: вопросы истории, теории, эстетики
- Двоскина Е.М. Античная теория ритма: трактат Аврелия Августина "De musica libri sex"
1998
- Хим Сопхи (Камбоджа). Теоретические проблемы камбоджийской музыки
2003
- Доленко Е.А. Молодой Шёнберг (соруководитель – М. А. Сапонов).
- Лыжов Г.И. Теоретические проблемы мотетной композиции второй половины XVI века (на примере Magnum opus musicum Орландо ди Лассо).
2004
- Воинова М.В. Проблемы современной органной музыки (соруководитель – В. С. Ценова).
- Пак Кюн Син (Корея). Музыкальная культура древней и средневековой Кореи и ее отражение в трактате Сон Хёна «Акхак квебом» («Основы науки о музыке»; XV век) (соруководитель – В. Н. Юнусова).
2005
- Попова Е.О. Ян Свелинк и его школа: теория и практика музыкальной композиции.
- Переверзева М.В. Джон Кейдж: жизнь, творчество, эстетика (соруководитель - В. С. Ценова).
Под руководством Ю. Н. Холопова была начата работа над следующими кандидатскими диссертациями: